小麦扬花初期是赤霉病菌子囊孢子初侵染的关键阶段，也是防控的关键时期，主要使用抑制孢子萌发的药，如氟唑菌酰羟胺、氰烯菌酯、嘧菌酯、吡唑醚菌酯、肟菌酯、啶氧菌酯等药及其复配剂。5～7天后，小麦进入盛花期，侵染成功的病菌进入菌丝生长阶段，也是产毒的关键期，主要使用抑制菌丝生长的药，如丙硫菌唑、叶菌唑、戊唑醇、氟环唑、氟唑菌酰羟胺、氰烯菌酯等药及其复配剂；同时要考虑毒素控制，可以加用一些抑制毒素产生的药剂，如井冈霉素、氟吡菌酰胺和氟唑菌酰胺等。
丙硫菌唑、丙硫菌唑·戊唑醇防治小麦赤霉病，抑制孢子萌发的作用弱，抑制菌丝生长的作用强，更适合在小麦盛花期使用；当然在小麦初花期也能适当使用，但最好加用一些抑制孢子萌发的药；每季最多使用两次，注意用足药量。
含有吡唑醚菌酯、啶氧菌酯、嘧菌酯、肟菌酯等甲氧基丙烯酸酯类药的产品，防治小麦赤霉病，可特异性抑制孢子萌发，适宜在小麦初花期第一次防治时使用，小麦盛花期第二次防治时禁止使用，否则易增加麦粒毒素含量。这类产品的使用说明书上，一般都会写明：“防治小麦赤霉病，在小麦扬花后不能使用，仅允许在扬花前或扬花初期使用，避免扬花后使用本品增加毒素污染的风险”。
在小麦初花期，足量使用唑醚·氟环唑防治赤霉病是适宜的，可以加用少量丙硫菌唑或丙硫菌唑·戊唑醇，如每亩加用40%丙硫菌唑·戊唑醇20毫升。在小麦盛花期，可以重点用足丙硫菌唑·戊唑醇防治赤霉病，不要加用唑醚·氟环唑等含有甲氧基丙烯酸酯类药的产品。
